Moravské zemské muzeum je výzkumnou organizací provádějící základní výzkum, aplikovaný výzkum nebo experimentální vývoj a šířící jejich výsledky prostřednictvím naučných expozic, výstav, výuky na vysokých školách a další pedagogické a popularizační činnosti, v maximální možné míře také publikováním odborných a vědeckých textů ve všech oborech společenských i přírodních věd ve své působnosti.
Moravské zemské muzeum je druhým největším a druhým nejstarším muzeem České republiky, píšícím svou historii od roku 1817. Od svého vzniku bylo (jako pokračovatel vědeckých tradic Hospodářské společnosti pro orbu, přírodovědu a vlastivědu, soudobé vůdčí síly moravské akademické vědy, existující již od 18. století) budováno a rozvíjeno jako čelné vědecké centrum v zemi (jak dokládá skutečnost, že zde například v šedesátých letech 19. století poprvé publikoval své převratné teze J. G. Mendel). Moravského zemského muzea je tedy nejenom přední paměťovou institucí, ale rovněž vědeckou institucí stojící již u samotných kořenů počátků vědeckého bádání v českých zemích.
Moravské zemské muzeum, v.o. vydává dva vědecké recenzované časopisy v celkem sedmi řadách (Acta musei moraviae – vědy společenské, vědy biologické, vědy geologické, Folia ethnographica, Folia numismatica a Anthropologie) zapsaných v Seznamu neimpaktovaných recenzovaných periodik vydávaných v Česko republice (Jrec). Každoročně v rámci Edičního plánu Moravského zemského muzea publikuje řadu dalších autorských knižních lektorovaných monografií.
Pracovníci Moravského zemského muzea, v.o. jsou pravidelně rovněž řešiteli či spoluřešiteli řady vědecko-výzkumných úkolů, z nichž nejvýznamnější jsou dva úkoly institucionální. Vědečtí a odborní pracovníci Moravského zemského muzea, v.o. úspěšně řeší opakovaně rovněž projekty Ministerstva kultury ČR, Grantové agentury ČR a podílejí se rovněž na projektech zajišťovaných na mezinárodní úrovni.